A gyümölcsök és zöldségek élő szervezetek, anyagcsere folyamataik (például a légzés és kipárolgás) leszedés után is folytatódhatnak.
Tárolás során a zöldségek, gyümölcsök veszíthetnek víztartalmukból, ennek megfelelően tömegükből is. Ennek a folyamatnak a sebessége nagyban függ attól, hogy megfelelő körülmények között történik-e a tárolás. Fontos tehát odafigyelni a tárolás módjára, és minél hamarabb elfogyasztani az érett zöldségeket és gyümölcsöket. Természetesen, ha egy gyümölcs vagy zöldség kissé fonnyadt, ám még nem rothadt és nem penészes, akkor biztonságosan elfogyasztható, tökéletesen felhasználható főzelékek, levesek, szószok, turmixok alapanyagaként.
Bizonyos gyümölcsök, zöldségek érési folyamata a betakarítás után is folytatódik. Utóérő gyümölcsökre példa a körte, a sárgabarack, a mangó, a szilva és az avokádó. Ezek a gyümölcsök a szüretet követően, szállítás és tárolás során is tovább érnek, így figyelembe kell venni vásárláskor is, hogy mikor szeretnénk felhasználni.
Az etilént bizonyos növények, mint növényi hormont állítják elő, s ez segíti a termés érését. Vannak etilénre nagyon érzékeny, illetve kevésbé érzékeny növények is, s egyes növények sok, mások kis mennyiségű etilént termelnek. Minden egyes faj és fajta számára eltérő mértékű etilén-kitettség az ideális, attól függően, hogy az érés mely szakaszában van.
A friss gyümölcs és zöldség hűtve tárolása nem élelmiszerbiztonsági előírás, ám a további eltarthatóság miatt előnyös lehet, hiszen az érési folyamat a legtöbb esetben lassítható a hűtőben való tárolással.
A fogyasztásra előkészített zöldség-, gyümölcs ételek hűtése azonban már kiemelt élelmiszerbiztonsági kérdés, ugyanis félbevágott, feldarabolt formában a romlási folyamatai felgyorsulnak. A hűtés során körültekintően kell megválasztani azt a tárolási hőmérsékletet, amely az adott termék számára optimális.
A zöldségek és gyümölcsök romlása során többnyire penészgombák megjelenésével kell számolnunk. A penészgombák növekedéséhez nedves környezet és megfelelő hőmérséklet szükséges: egyes gombák hűvös, mások meleg hőmérsékleten életképesebbek. A felvágott, feldarabolt zöldségek és gyümölcsök esetében jellemzően a hűtőben történő tárolással kerülhetjük el a leghosszabb ideig a penész megjelenését. A penészgombák gyakori anyagcsere termékei a különféle mikotoxinok, amelyek elfogyasztása ugyan nem okoz azonnali tüneteket, de toxikus hatásuk hosszú távon összegződhet, és megbetegedésekhez vezethet. Az almák romlása során például tipikusan Penicillium gomba szaporodik el, amely a patulin nevű mikotoxint termeli. Fontos kiemelni, hogy a mikotoxinok jelenléte nem feltétlenül észlelhető érzékszervi úton, így ha a romlásnak indult almáról eltávolítjuk a penészes részt, a gyümölcs többi része pedig teljesen egészségesnek tűnik, attól még nem lesz biztonságosan elfogyasztható. Érdemes megjegyezni, hogy a mikotoxinok mennyisége még hőkezeléssel sem csökkenthető.
Felmerül a kérdés, hogy mit tehetünk, ha a megfelelő tárolás és a gondos tervezés ellenére is megromlott, megmaradt néhány zöldség és gyümölcs a háztartásunkban: komposztáljunk, ha van rá mód!